Den Protestantiske Kirke hedder "protestantisk" fordi de kirker som i Danmark (såvel som andre steder i Europa) historisk set udgør Protestantismen, har i en vis udstrækning forladt Reformationens fundament, hvorfor de næppe kan betegnes som protestantisk mere teologisk set. Samtidigt vil Den Protestantiske Kirke være åben overfor alle, som ønsker en protestantisk menighed, der er baseret på Reformationens præmisser. Den Protestantiske Kirke ser sig som et udspring af samtlige gode, bibelske protestantiske (både klassisk protestantisk og frikirkelige) traditioner men forkaster samtidigt traditionalismen som gør, at kirken ikke formår at reagere på bibelsk vis i dens kontekst. Den Protestantiske Kirke ser sig som del af den kristendom, som er fundamenteret i de gammelapostolske trosbekendelser, såsom fx den Nicaeiske trosbekendelse og kirkefædrenes kamp mod vranglære. Denne kamp er dog ikke et enestående fænomen i kirkehistorien, som nu er overstået - nej, de samme slags vranglærer, som fx Irenaeus og andre kampede med, får deres "comeback" gang på gang igen i nye udformninger, så derfor gælder om det at gøre dogmatikken levende! I stedet for en statisk dogmatisme, der er baseret på dogmer, som var blevet udviklet som reaktion af en specifik situation i historien, tror Den Protestantiske Kirke på en dynamisk dogmatisme, der udvikler dogmer på præmisserne af de anti-religiøse motivationer der var kendetegnende for skaberne af de gamle dogmer. Dette er det egentlige væsen af Protestantismen, at den altid er rede til at "protestere" når surdejene af religionen er ved at ødelægge kirken. Derfor er en kirke der opererer i Reformationens og Protestantismens ånd altid en kirke der reformeres kontinuerligt ("Continual Reformation Church") i stedet for at basere sig på nogle dogmer, der havde været dynamit og virkede store omvæltninger i deres tid, men som ofte er intetsigende og ikke formår at udrette ret meget i dag. Det gælder ikke om at opfinde en "ny" slags kristendom - dette ville jo bare føre til en ny sekte. Det gælder derimod om at kontekstualisere den ældgamle kristendom som er baseret på Bibelen og den tidlige kirkes trosbekendelser.
Den Protestantiske Kirke er "økumenisk" i den forstand at den føler sig solidarisk med samtlige kristne der søger sandheden først og enheden derefter. Gud vil ikke bedømme os efter hvor mange finheder i læren vi har forstået rigtigt, men efter vores "kærlighed til sandheden". Alle Guds udvalgte befinder sig i en stadig proces af udskillelse fra religiøse strukturer. Det er ikke vigtigt for Gud, hvor man befinder sig i denne proces, men om man er udvalgt eller ej. Den sande kristendom er til stadighed i bevægelse og aldrig tilfreds med sin tilstand på jorden.
Den Protestantiske Kirke er anti-økumenisk i den forstand at den forkaster som gudløs bedragi, religiøs propaganda og kirkepolitiske manipulationer samtlige forsøg på at skabe enhed på bekostninger af sandheden.
Den Protestantiske Kirke er karismatisk i den forstand at den er åben overfor samtlige i Bibelen beskrevne nådegaver, når disse praktiseres ud af en Helligånd der går hånd i hånd med lydighed overfor Jesus Kristus: Dersom I elske mig, daholder mine Befalinger! Og jeg vil bede Faderen, og han skal give eder en anden Talsmand til at være hos eder evindelig, den Sandhedens Ånd, som Verden ikke kan modtage, thi den ser den ikke og kender den ikke; men I kende den, thi den bliver hos eder og skal være i eder. (Joh. 14, 15-17) Samtlige i Bibelen beskrevne nådegaver er stadig aktive, selv om der til tider kan være flere fejlkopier i omløb end gudgivne versioner.
Den Protestantiske Kirke er anti-karismatisk i den forstand at den forkaster samtliger "gaver" og underværker der praktiseres ud af en "Helligånd" som fås uden og praktiseres uafhængig af lydighed overfor Jesus Kristus. Dette er en fejlkopi af det sande.